La filosofía de la Institución Educativa Rural San Miguel, plantea, a partir de la relación construcción del conocimiento-individuo, la formación humanista, científica y tecnológica, que conduzca al libre desarrollo de la personalidad, con fundamento crítico para la libertad de conciencia, reflejando su capacidad de ser ciudadano competente, contribuyendo a la idiosincrasia de la región, buscando el progreso económico, cultural y social de sus habitantes.